У Секретаријату се обављају стручни, административни и технички посови који се односе на послове вршења тужилачке управе, остваривања права из радног односа, вођење кадровске евиденције, старање о извршавању оперативних закључака Врховног јавног тужиоца, припремање предлога Програма рада Секретаријата.

Пословима у Секретеријату руководи Гордана Самарџић, секретар Врховног јавног тужилаштва. У оквиру Секретаријата постоје унутрашње организационе јединице – Служба општих послова, писарница и дактилобиро.

У Служби за опште послове обављају се стручни, административни и технички послови у вези финансијско-аналитичких и рачуноводствених послова, информационих послова, послова техничког одржавања опреме и набавке основних средстава и средстава за потребе економата, библиотекарски послови, припрема предлога Програма рада службе за опште послове.