У Врховном јавном тужилаштву образована су следећа одељења: Кривично одељење, Одељење за борбу против корупције, Грађанско-управно одељење, Одељење за међународну сарадњу и правну помоћ, Одељење за високотехнолошки криминал, Одељење за јавнотужилачку праксу, Одељење аналитике и информатике и Одељење за односе са јавношћу.